همایون شجریان در ۳۱ اردیبهشت ۱۳۵۴ در تهران در خانواده‌ای سرشار از موسیقی متولد شد. وی فرزند محمدرضا شجریان است و از کودکی علاقه به موسیقی و ریتم در او نمایان بود تا آن که با تشخیص پدر نزد ناصر فرهنگ‌فر به فراگیری تکنیک و شناخت ریتم که اساس موسیقی است پرداخت و چند سالی هم آموختن را نزد جمشید محبی ادامه داد. از ده‌سالگی به همراه خواهرانش نزد پدر آواز را شروع کرد و در دوران بلوغ روزانه تکنیک آواز و صداسازی را به‌صورت فشرده فراگرفت.[۱] در همان زمان به هنرستان موسیقی رفت و کمانچه را به عنوان ساز تخصصی خود انتخاب کرد و در خارج از هنرستان به ادامهٔ فراگیری آن نزد اردشیر کامکار و آشنایی با تار و سنتور به صورت گوشی پرداخت.

او از سال ۱۳۷۰ به‌همراه محمدرضا شجریان در کنسرت‌های آمریکا، اروپا و ایران (با تنبک) همراهی کرد و از ۱۳۷۸ به بعد در صحنهٔ کنسرت‌ها به هم‌خوانی با پدرش پرداخت. اولین اثر با حضور او یاد ایام نام دارد که در آن اثر همایون شجریان تنبک نوازی را بر عهده داشته‌است. همایون شجریان کنسرت‌های بسیاری را با بزرگان موسیقی اجرا کرده و آثار زیادی را به همراه آنان در ایران و جهان منتشر کرده‌است که می‌توان به آلبوم کنسرت‌های «بی تو بسر نمی‌شود» و «فریاد» اشاره کرد که هردو اثر در سال‌های ۲۰۰۳ و ۲۰۰۵ نامزد دریافت جایزه گرمی شدند.